A história da Unisep é também parte da história do desenvolvimento da região Sudoeste do Paraná. Através de muito esforço, ousadia e empreendimento a Unisep consolidou-se como uma das melhores Instituições do país, preocupada com o aprendizado contínuo de seus acadêmicos e com o bem-estar social
.
A Unisep iniciou suas atividades com o propósito e a certeza de que seria umas das grandes responsáveis pela transformação sociocultural e econômica da região em que está inserida. O Campus de Dois Vizinhos da Unisep foi inaugurado em sete de junho de 2001 possuindo uma área de 1.040.000 metros quadrados de extensão.
Em agosto de 2001 realizou-se o primeiro vestibular que deu início a uma caminhada de sucesso. Quatro meses depois, a Unisep já contava com os cursos Administração, Ciências Contábeis, Direito, Educação Física e Sistemas de Informação, completando a primeira etapa do projeto da faculdade. Com a estrutura física em constante evolução e a soma de novos cursos: Tecnologia do Vestuário, Farmácia, Fisioterapia e Gestão Mercadológica a Unisep começa a se destacar regionalmente e confirma-se como referência em Ensino Superior.
Com um projeto arquitetônico e estrutural arrojado e moderno, implantou-se também o Colégio Unisep, atuando com turmas do maternal ao ensino médio. Posteriormente Engenharia Ambiental e Medicina Veterinária completaram os cinco primeiros anos da Unisep.
A Unisep é uma Instituição que a cada dia está mais comprometida com a qualidade no ensino em todo Sudoeste do Paraná; seu crescimento e o projeto de abertura de um novo campus em Francisco Beltrão é prova disso. Em 2008 a Instituição conta com onze cursos de graduação, além de atender a Educação Infantil, Ensino Fundamental e Médio e Pós-graduação.
Destaque no Sudoeste do Paraná a Unisep está no ranking das melhores Instituições de Ensino do País, segundo a Avaliação Institucional realizada em 2007 pelo Ministério da Educação, onde obtivemos nota quatro (escala 1 a 5).
A Unisep tem como missão “ser uma instituição social e democrática, permeável a todas as correntes de pensamento, dentro dos princípios da liberdade com responsabilidade, justiça e solidariedade humana, visando o desenvolvimento da ciência, do saber e da tecnologia, contribuindo para a formação integral da comunidade local e regional”. Para tanto, seu compromisso com a qualidade de ensino começa no seu projeto, na sua estrutura física. Composta de instalações especialmente projetadas, que favorecem um aprendizado de qualidade, o projeto da Unisep compreende salas de aula climatizadas, laboratórios com equipamentos de última geração, estações para experimentos práticos, modernas instalações poliesportivas e um anfiteatro modelo, com capacidade de 728 lugares, área construída de 2.286 metros quadrados.
O corpo docente com qualificação e dedicação procura repassar ao aluno conhecimentos teóricos e experiências práticas que propiciam um aprendizado completo.
A Instituição aprofunda suas relações com a comunidade através de vários projetos de extensão. Estreita seus laços com o mercado de trabalho oferecendo profissionais do mais alto nível e participa significativamente com o crescimento da região Sudoeste do Paraná, propiciando uma gama de cursos que alavancam a economia regional com o que há de mais importante: capital intelectual.
O projeto da Instituição tem em sua proposta pedagógica um olhar voltado para uma formação profissional cidadã, preocupado com as gerações futuras.